部署の表示順並べ替えはできますか？

アドミニストレーター権限によって以下から可能です。

[部署の編集】から
①[設定]－部署/グループ内[部署管理]より、移動させたい部署を選択し[編集]をクリックします。
②[表示順番]のプルダウン項目から移動させたい部署の[前方]「後方」を指定し[更新する]ボタンをクリックします。

[部署一覧表示]から
①[設定]－部署/グループ内[部署管理]より、移動させたい部署をドラッグ＆ドロップして任意の場所に移動させます。
②確認画面が表示されるので「OK」をクリックします。

これ以外に複数部署を一括で登録/変更が可能な部署のインポート機能でも変更可能です。