部署の表示順並べ替えはできますか？

アドミニストレーター権限によって可能です。

[設定]－部署/グループ内[部署管理]より、移動させたい部署を選択し[編集]をクリックします。

[表示順番]のプルダウン項目から移動させたい部署の[前方]「後方」を指定し[更新する]ボタンをクリックします。

これ以外に一括で登録が可能な部署のインポート機能でも変更可能です。