社内メンバーなのに、別企業として登録してしまった場合にはどうすればいいですか？

別企業として登録してしまったユーザー様を異動させることはできません。

一度ユーザー様の登録情報を削除してください。
ログイン後、［設定］－［企業/団体削除］にて削除できます。
削除されますと、データを元に戻すことはできませんので、お気を付けください。

その後、管理者様より社内メンバーとして招待そ行ってください。
［設定］－［メンバー招待］－ ［組織内のメンバーを招待する］にチェックを入れ、招待を行ってください。